清朝時期，當時主要以漁業和農業為主，隨著台灣經濟的發展，這裡逐漸形成了村落。南寮因地理位置接近海岸，成為漁民的重要聚居地，並且在當地文化中有著濃厚的漁村特色。南寮這個地名的由來是因為其位於新竹的南方，且「寮（liâu）」字在閩南語中指臨時搭建的、簡陋的小屋或棚子，反映了早期此地為漁民建寮居住的地方。
（1731），頭前溪口西岸開闢了「竹塹港」，自此竹塹地區的貨物可從這裡上下岸。
（1898）舊港是臺灣對清國的重要運輸港口之一，也是臺灣南北漁船的中繼點。位居重要位置的舊港，成為海賊的目標。
（1952），政府為發展漁業，在此興建「南寮漁港」，這個工程到民國48年（1959）建立完成。兩岸之間的民間貿易被政府禁止後，仍有漁民試圖在南寮漁港走私中國大陸的農產品，以獲取豐厚利益，多次在南寮漁港發生警民衝突，走私的消息在南寮漁港頻傳，像是民國78年（1989）8月19日，在警方查獲走私的紀錄中，此地漁船超過三成以上。