南寮漁港位於新竹市，與自然環境和周邊生態系統密切相關，對當地生物多樣性和生態功能產生影響。漁港附近的潮間帶是多樣海洋生物的棲息地，這裡的岩岸、沙灘和泥灘為各類魚類、貝類、甲殼類和海藻提供了重要棲息場所。同時，這些區域吸引了大量遷徙鳥類，成為重要的鳥類覓食地。漁港的水域對水生物的生長繁衍至關重要，水質的變化會直接影響魚群和其他水生生物的生存。
然而，漁業活動也可能帶來水質污染和生 物多樣性的威脅，因此需謹慎管理漁業資源，避免過度捕撈和污染。此外，漁港周圍的濕地具有重要的生態功能，不僅是水鳥的棲息地，還 能淨化水質、維持營養循環，保護生物多樣性。為維護漁港及周邊生態系統的健康，推動可持續的漁業管理和環境保護措施是十分必要的。
南寮漁港的建設過程對當地環境帶來了不少影響，主要表現在水質污染、生態破壞和水流變化等方面。首先，漁港建設中會有大量的土方工程和填埋作業，這些活動會把泥沙帶入海中，造成水質混濁，影響水生生物的生長。
此外，施工中可能釋放的油污和化學物質，若未妥善處理，也會對水質造成污染。其次，漁港擴建改變了周圍的海岸線和潮間帶，這些地區原本是許多海洋生物的棲息地。填海和改建可能導致這些生物失去繁殖和覓食場所，影響當地的生物多樣性。漁港的建設還可能改變當地水流和潮汐的模式，影響周圍海域的水動力學，從而影響依賴特定潮汐環境的物種，甚至導致一些物種遷徙或死亡。
總的來說，南寮漁港的建設雖然推動了當地的經濟發展，但在環境方面也帶來了挑戰。如何在發展過程中減少對生態環境的影響，實現經濟與環境的平衡，是未來發展的重要課題。